El 13 de diciembre del año 2003 se inaugura el Centro Cultural San Juan Nepomuceno de la Universidad del Magdalena, con una inmensa oferta cultural y al rescate de los valores arquitectónicos de la edificación. El edificio cuenta con todas las normas técnicas de seguridad, de tecnología, y ante todo ha respetado la reglamentación sobre intervención de bienes de interés patrimonial entregándole a la ciudad un tesoro que hoy en día es el gran orgullo de la Universidad y unos de los bienes más importantes del Centro Histórico de la Ciudad de Santa Marta.

La edificación inició su construcción con el propósito de ser seminario en el año de 1671. La fábrica de ladrillos que fue usada para esta construcción se ubicó en uno de los solares de la Catedral; a pesar de esta propuesta finalmente quedó con el titulo de Colegio al no tener recursos para continuarlo el Obispo Fernández de Piedrahita. De 1725 a 1744 fue ocupado por los Obispos y al mismo tiempo seguía funcionando como Colegio; para 1789 la construcción estaba constituida por 3 salas, un cuarto y una cocina. En los 3 salones sólo se dictaban clases de latín, Teología Moral y canto eclesiástico con muy poca asistencia. El edificio fue terminado sólo el día 4 de Enero del 1811, por el Vicario Capitular Placido Hernández. Fue llamado San Juan Nepomuceno y testigo de este Nombre es el Cuadro de Óleo sobre madera con la Imagen del Santo que ha permanecido custodiando el edificio hasta nuestros días y que se convierte en la principal obra expuesta por su valor antiguo.