El Santo Oficio permaneció en Cartagena de Indias hasta 1811 cuando estalló el movimiento independentista y los inquisidores fueron expulsados. Luego habrían de regresar en 1815 con El Pacificador Pablo Morillo, hasta 1821, año en que fueron erradicados definitivamente.
La fachada del Palacio de la Inquisición, de rejas en su parte inferior y balcones en el piso superior son las características de las casa coloniales de la ciudad. La entrada principal es de estilo barroco con molduras mixtilíneas.