Fundado por Ley del primer Congreso de la República el 28 de julio de 1823 es uno de los más antiguos de América. Fue inaugurado inicialmente en la Casa Botánica lugar que albergó la colección de historia natural.

Nacido como museo de ciencias, las colecciones del Museo Nacional que ocupan desde 1948 y hasta la fecha, las instalaciones de la antigua Penitenciaría Central de Cundinamarca, conocida popularmente como PANÓPTICO.